Vilniaus agroekologijos mokymo centro ir vietinė bendruomenė aktyviai įsitraukia į sportinę veiklą, kuri išsiskiria renginių gausa, įvairove ir nuolat diegiamomis naujomis iniciatyvomis. Čia veikia moderni sporto salė, stadionas, įvairios sporto aikštelės bei treniruoklių salė, atvira tiek mokiniams, tiek bendruomenei.

Pasibaigus pamokoms, jaunimas aktyviai lavina savo fizinius gebėjimus dalyvaudami krepšinio, tinklinio, lengvosios atletikos, svarsčių kilnojimo ir jėgos trikovės treniruotėse bei sekcijose. Šios veiklos ne tik stiprina sveikatą, bet ir skatina komandinį darbą bei sportinį tobulėjimą.

Mūsų mokiniai reguliariai dalyvauja įvairaus lygio sporto varžybose ir ne kartą yra tapę čempionais, atstovaudami ne tik mokyklą, bet ir visą bendruomenę.