Centro savivalda grindžiama švietimo tikslais, centre vykdomomis švietimo programomis ir susiklosčiusiomis tradicijomis. Centro savivaldos institucijos kolegialiai svarsto centro veiklos bei finansavimo klausimus ir pagal kompetenciją, apibrėžtą centro nuostatuose, priima sprendimus bei daro įtaką vadovo priimamiems sprendimams, atlieka visuomeninę centro valdymo priežiūrą. Savivaldos institucijų įvairovę, jų kompetencijas ir sudarymo principus įteisina centro nuostatai.